L'AMMC est un établissement public doté de la personnalité morale et de l'autonomie financière. Il est soumis au contrôle d'accompagnement de la part de l'administration depuis mars 2006 selon les dispositions de la loi 69-00 relative au contrôle financier de l'Etat sur les entreprises publiques et autres organismes. L'AMMC dispose de ressources propres constituées principalement des:
- Commissions sur actif net OPCVM
- Commissions sur les opérations financières
- Commission Maroclear
- Taxe parafiscale sur transactions boursières.